Meteorologia
Desde a sua origem que o IGUP teve como principal função a obtenção e registo de dados meteorológicos, desta forma o arquivo meteorológico é constituído por mais de um século de observações, que estão agora em processo de digitalização, sendo possível consultar alguns deles através desta página.
Desde 1946 que o IGUP integra a rede nacional de estações meteorológicas do atual Instituto Português do Mar e da Atmosfera (IPMA).
Atualmente, para além da estação do IPMA, o IGUP possui mais duas estações meteorológicas, uma manual e outra automática. A estação manual está desativada, mas é possível ver os vestígios dos equipamentos a constituía, bem como alguns desses equipamentos. A estação automática é um conjunto de sensores digitais conectados a uma estação digital.
Fenologia
O IGUP possui um jardim fenológico que faz parte da rede europeia de jardins fenológicos, International Phenological Gardens (IPG), com sede em Berlim.
Esta rede de jardins tem como objetivo efetuar observações fenológicas comparáveis de plantas e características da vegetação Europeia.
Para isso cada espécie de plantes presentes nesses jardins provêm do mesmo clone propagadas vegetativamente. Atualmente, os dados recolhidos são registados na página oficial do IPG, onde é feita uma comparação entre jardins.
Campo Magnético
Os estudos de atividade do magnetismo terrestre e solar são feitos tradicionalmente nos observatórios geofísicos integrados em redes mundiais.
Para o efeito existe no IGUP um magnetómetro de três componentes que mede em contínuo o campo magnético terrestre.
Radioatividade Natural
Existe no IGUP instrumentação para medição contínua de níveis de radioatividade em rochas.
O IGUP integra uma rede nacional de observatórios que monitorizam os níveis naturais de radioatividade, a rede de emergência radiológica da Agência Portuguesa do Ambiente. Para além disso são também feitas medições de radiação, através de dosímetros passivos e monitorização de gás radão.